个人认为：是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python/Java..(胶水语言，数据格式转换，软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。
生物信息常用语言非常广泛，我常用的有Perl,R,Shell，此外参与网页制作还用过PhP+mySQL，写博客用Markdown。这些其实都是非常小众的语言，如果和计算机专业的人交流，对方可能没听过这些语言。本系列“生信人写程序”主要以Perl为主，并伴随一些零星的R和Shell编程的经验和技巧。对于生信Perl使用人员有个交流和互相提高的平台，让新人少走点弯路。对于没有任何Perl基础强例建议别入坑，想学生信找Python教程吧，不解释看下图。
TIOBE世界编程语言使用排行
我们可以看到世界前三是Java,C,C++，大家都听说过；第四是Python，目前在生领领域有取代Perl地位的趋势，目前Perl列第9(世界十大语言之一)下降一位。R语言的数据分析领域有应用越来越广泛，今年上升两位至14名；Shell由于版本和各类较多，在50-名间有4种，此语言只建议快速解决小问题，不建议写太长的任务，很容易跨平台不兼容。
总结：
生信常用语言：Shell+R+Python/Perl
世界三大语言：Java,C,C++
生信语言的排名：Python4th,Perl9th,R16th
Perl写作环境模板推荐很多人三行两行或直接命令行用perl直接解决问题，虽然快，但是不容重用和别人使用。因此，良好的写作环境和模板是效率和专业的体现，即提高自己的代码重用性，也方便交流和他人使用。
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